南京二桥收费的原因主要有以下几点：

偿还建设贷款和利息：

南京二桥的建设资金主要来源于银行贷款，收费的主要目的是用于偿还这些贷款及其利息。

支付养护管理成本：

随着桥梁使用年限的增加，工程养护费用也在逐年攀升，通行费收入需要与营运管理支出基本持平。

政府批准的经营性收费：

南京二桥的收费性质为经营性收费，且收费年限经省政府批准为30年。

高收费导致部分车辆选择其他路线：

二桥的收费标准较高，导致许多车辆选择绕路从大桥过，以节省费用。

经营权转让：

南京二桥的经营权曾转让给企业，企业按照市场化方式管理，虽然降低了部分经营成本，但收费仍较高。

综上所述，南京二桥收费主要是为了偿还建设贷款和利息，同时支付逐年增加的养护管理成本。尽管存在高收费问题，但由于涉及复杂的财务和管理因素，目前仍无法取消收费。