申请撤三需要缴纳的费用主要包括以下几项：

申请规费

商标撤三申请按类别收费，一个类别的撤销商标费为1000元人民币。

代理费

如果委托商标代理机构办理，还需缴纳代理费。代理费用因代理机构而异，一般会根据案件的难度及所需工作量来确定最终的收费标准。

证据收集成本

在进行撤三答辩过程中，可能需要收集并提供大量证据来支持自己的主张，这部分成本因实际情况而异，有时可能会成为整个撤三答辩过程中最大的一笔开支。

可能的诉讼费用

如果商标撤三答辩失败，商标持有人还可能面临进一步的行政诉讼，这将产生额外的律师费、法院费用等诉讼成本。

建议

选择代理机构：如果对商标撤三流程不熟悉，建议选择一家专业的商标代理机构来办理，以确保流程顺利进行并提高成功率。

证据准备：申请人需要提供充分的证据证明被申请商标在连续三年内未实际使用，证据材料应真实、准确、完整。

预算规划：在申请撤三前，企业应根据自身情况和商标的重要性进行合理的预算规划，以确保有足够的资金应对可能产生的各种费用。