侦查阶段由 公安机关负责执行。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。公安机关在侦查阶段负责进行调查取证，包括询问证人、受害者，勘察现场，收集证据等，并在必要时逮捕嫌疑人并进行拘留。