物流公司主要缴纳的税种包括：

增值税

陆路（含铁路）运输、水路运输、航空运输和管道运输服务的增值税一般纳税人税率为11%，小规模纳税人税率为3%。

仓储、配送及货运代理等物流辅助服务的增值税一般纳税人税率为6%，小规模纳税人税率为3%。

营业税

营业税适用于提供运输劳务取得的收入，税率为3%。

城建税

城建税根据纳税人所在地区的不同而有所差异，市区为7%，县、镇为5%，其他为1%。

教育费附加和地方教育费附加

教育费附加税率为3%，地方教育费附加税率为2%。

所得税

所得税的基本税率为25%。

对于符合条件的小型微利企业，年应税收入在30万元以下的，可以减按20%的税率征收所得税。

国家重点扶持的高新技术企业，可以减按15%的税率征收所得税。

其他税种

房产税、土地使用税、印花税、车船使用税等。

堤围费或水利基金等。

税收优惠

物流企业大宗商品仓储设施用地可以享受城镇土地使用税优惠政策，减按所属土地等级适用税额标准的50%计征。

购置挂车可以享受减半征收车辆购置税的政策。

“六税两费”减免政策，包括资源税、城市维护建设税、房产税、城镇土地使用税、印花税、耕地占用税和教育费附加、地方教育附加，对增值税小规模纳税人、小型微利企业和个体工商户减半征收。

物流公司需要根据自身业务性质、企业规模以及相关政策，合理计算和申报各项税费，以合法合规地享受税收优惠政策。