当发现发动机号码重复时，车主可以采取以下措施：

核实发动机号码情况

将车辆开回销售部或联系厂家，核实发动机号码的情况。如果确实是厂家的问题，他们应该会采取相应的纠正措施。

检查相关证件和资料

检查车辆的其他相关证件和资料，如合格证、购车发票等，以确保这些信息的准确性。如果发现有人为篡改发动机号码的嫌疑，应立即报警并配合警方进行调查。

法院诉讼

如果认为发动机号码重复是由于厂家的产品管理失误或质量伪劣造成的，可以法院起诉生产厂家，要求赔偿精神、经济及误工赔偿金，并可通过主流媒体跟进报道给厂方压力以达成谅解。

与厂家协调

可以要求厂家给车管所出一个证明，以解决发动机号码重复的问题。另外，也可以考虑更换一台发动机。

与交管部门协调

如果发动机号码重复是因为不同品牌的发动机号码相同，或者存在其他合法性问题，需要与当地的交管部门协调，并提供相关证明材料，以便重新办理车辆登记和拓号手续。

建议车主首先核实发动机号码的具体情况，然后根据具体情况选择合适的解决方案，如联系厂家、报警或法院诉讼等。在整个过程中，车主应确保所有相关证件和资料的准确性，以便顺利进行后续处理。