电子商务公司需要缴纳的税种主要包括：

增值税

小规模纳税人：商品销售收入（不含税）乘以3%。

一般纳税人：商品销售收入（不含税）乘以17%，可以抵扣进项税。

营业税 （如适用）：

咨询、服务、广告收入乘以5%。

城市建设维护税

应纳增值税、营业税之和乘以7%。

教育费附加

应纳增值税、营业税之和乘以3%。

企业所得税

根据利润计算，一般企业税率为25%，小微企业有优惠税率。

个人所得税

个人卖家出售商品收入需缴纳个人所得税，税率根据收入不同而不同。

印花税

根据交易合同或凭证计算，具体比例依据地方规定。

其他可能的税费

关税（对于跨境电商）。

堤围防护费（某些地区可能收取）。

电子商务公司应当根据自身的纳税人身份（小规模或一般纳税人）以及具体的业务情况，按月或按季度向税务机关申报并缴纳税款。需要注意的是，税法规定可能会有更新，具体税率和计算方法应以最新的官方发布信息为准。