马桶设计有两个盖子主要是出于以下原因：

掩盖气味和防止异味外流：

最上面的一个大盖子用来掩盖气味，防止异味通过马桶口外流，保持卫生间空气清新。同时，这个盖子也能防止东西掉入马桶内，避免堵塞管道。

卫生和舒适：

里面的坐垫在平时不使用的时候盖上，可以保持卫生，避免直接接触马桶陶瓷表面，更加卫生。坐垫的设计也是为了坐着舒适，特别是在冬天，盖上坐垫可以保暖。

功能区分：

有些设计会将两个盖子区分使用。例如，最上面的盖子用于大小便后盖上冲水，防止气味和细菌扩散；而最下面的垫子（垫圈）则用于直接坐上去，增加舒适度，并且可以防止物品掉入马桶。

美观和安全：

双盖设计不仅使马桶看起来更加美观和安全，还能提供额外的保护措施。例如，内层垫子可以设计成带有防滑功能，确保坐在马桶上时的安全性。

综上所述，马桶有两个盖子主要是为了解决气味控制、卫生、舒适度和美观等多方面的需求。