工资补发项扣钱的原因主要在于 触发税额计算。个人所得税是按照“累计预扣法”来计算的，这种方法会把你从年初到当前月份的收入进行累加，然后计算应纳税额。如果某个月因为补发工资导致收入突然增加，自然就会多扣税。

具体来说，如果员工的月收入不超过5000元，是不用缴纳个人所得税的。但如果公司一次性发放两个月的工资，金额相加后超过了这个起征点，就会触发税额计算，导致扣税增加。对于被拖欠工资的职工来说，虽然拿到了一笔久等的收入，但由于金额集中发放，税负也随之增加。

因此，工资补发项扣钱是因为它导致了员工收入的突然增加，从而触发了个人所得税的累计预扣法计算，使得员工需要缴纳更多的个人所得税。